Заповедник расположен на правом берегу Енисея, в междуречье Базаиха-Мана. Территория его вытянулась на 34 километра с северо-запада на юго-восток в виде треугольника. Площадь — 47 тысяч гектаров — почти полностью занята лесом.
«Зело превелики и причудливы, сотворены скалы. А находятся они в отдаленной пустыне верст за 15, а может, и за 20. Только попасть туда трудно: конный не проедет, пеший не пройдет, да и зверья дикого немало. Разно рассказывают о них. Пожалуй, правду говорят, что даже в других землях не увидать такого. И залезти на сии скалы никто не сможет, и какие они — неизвестно» — так писал в 1823 году красноярский натуралист Прохор Селезнев о местах, где сейчас расположен заповедник «Столбы».
Подробное описание столбов было составлено в 1842 году геологом Чихачевым и опубликовано в изданной во Франции книге. Уникальные по красоте и причудливости сиенитовые скалы — столбы — возвышаются над тайгой. Их высота здесь достигает 60-100 метров, а возраст самых древних скальных образований — около 600 миллионов лет. Столбы представляют собой сиенитовые останцы. Сиенит — интрузивная магматическая порода серо-розового цвета, близкая к граниту. О необыкновенной форме красноярских столбов говорят их названия: Дед, Беркут, Перья, Ковриги, Манская баба, Китайская стенка, Крепость и многие другие. Всего в заповеднике насчитывается около 500 различных выходов сиенита, а самих скал-столбов — 99. Скалу Перья часто представляют как символ красноярских столбов: 30-метровые камни отвесно вздымаются к небу.
Необычен и вид скалы Дед, который напоминает профиль старика в шляпе. По оценкам геологов, возраст этого старика составляет, по меньшей мере, 10 миллионов лет. Средняя температура в «Столбах» -1,2 градуса (а это на два градуса ниже, чем в Красноярске).
Флора заповедника насчитывает 550 видов растений. Четко выражены вертикальные зоны растительности. Леса разделяются на два высотных пояса: нижний — сосново-лиственничных разнотравных лесов (200-500 метров над уровнем моря) и средний — горной пихтовой тайги (500-700 метров). Много в заповеднике и растений, занесенных в Красную книгу России.
В заповеднике живут 290 видов позвоночных животных (в основном таёжные обитатели): соболь, лиса, рябчик, белка. Одна молодая рысь, появившаяся на территории заповедника, положила начало организации маленького зоопарка при «Столбах». Сейчас в живом уголке заповедника в вольерах содержатся и приручаются звери и птицы горной тайги.
Богат заповедник дикими копытными: маралами и кабаргой. Кабарга — самый многочисленный вид копытных в заповеднике. Это типичный представитель горной тайги, маленькое оленеобразное животное, длина тела которого — до 1 метра, а вес 11-18 килограммов. Она придерживается участков с крутыми скалами.
Примерно год назад в заповеднике объявился необычный житель — глухарь, который ничего не боится. Вообще-то глухари очень осторожные и пугливые птицы, а этот разгуливает среди людей, принимает съедобные «подарки», охотно позирует перед фотографами, обследует столы в местных кафе, гуляет по скалам и даже качается на качелях. Только в сильный мороз он прячется в глубокий снег и сидит там безвылазно. У сотрудников заповедника глухарь получил сразу три имени: Кузя, Федя и Глашик, но какое ему нравится — неизвестно…
Научные сотрудники составили «Летопись природы» заповедника за двадцатилетие (1925-1945). Позже здесь начали вести годовые «Летописи», в которых отражаются изменения, происходящие в природе горной тайги. Ученых интересуют условия восстановления кедровых лесов, образ жизни кабарги, состав почвы сиенитового массива, фауна пресных водоемов.
Вот уже почти 170 лет, с 1851 года, существует массовое спортивное и вместе с тем эстетическое (ищущее красоту в природе) движение, которое получило название «столбизм». Это движение объединяет людей, для которых посещение красноярских «Столбов» не просто увлечение, а часть жизни. Это, конечно, скалолазание, но скалолазание культурное, призывающее своих последователей не только самим относиться бережно к этому памятнику природы, но и следить за тем, чтобы все, кто сюда приезжает, делали то же самое. Есть клуб «Столбист», выпускается даже журнал с таким названием. Любят люди эти края, а значит, у «Столбов» есть будущее!