В 1937 году он был закрыт и на его территории разместили зоопарк.Чуть позже стали использовать в качестве складского помещения, а в начале Великой Отечественной войны разобрали верхние ярусы колокольни, так как боялись, что враг будет использовать это сооружение в качестве ориентира при авианалетах.
В середине лета 1942 года, во время оккупации города, верующие сами открыли кафедральный собор Рождества Пресвятой Богородицы и начали проводить там службы.
Спустя 9 лет в храме был установлен главный иконостас, имеющий четыре яруса. Его изготовили в столице по эскизам алтарной перегородки взорванного Храма Христа Спасителя.
К 1999 году полностью восстановили колокольню собора, на освящении которой присутствовал сам Святейший Патриарх Алексий Второй.
Освящение реконструированного собора самим патриархом — большое событие для верующих, которое наверняка соберет множество народу. Ростовчанам и гостям города однако не стоит забывать, что в связи с визитом патриарха 26 и 27 октября в центре города будет ограничено движение транспорта: по улицам Станиславского, Московской, Темерницкой на участке от проспекта Буденновского до проспекта Ворошиловского; по переулку Газетному и переулку Семашко на участке от улицы Серафимовича до улицы Обороны.